唐文宗开成二年（837年）冬，兴元军节度使令狐楚病卒，李商隐随丧回长安，途经这里，曾作《圣女祠》诗。据张采田《玉溪生年谱会笺》，唐宣宗大中九年（855年）末至大中十年（856年）初，李商隐又随自梓州返回长安，再次往返这里。于是写此诗寄托感慨，因题作“重过圣女祠”。

这是一首性质类似无题的有题诗。意境扑朔迷离，托寓似有似无，比有些无题诗更费猜详。

首联“白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟。”—圣女祠前用白石建造的门扉旁已经长满了碧绿的苔藓，看来这位从上清洞府谪降到下界的圣女沦落在尘世已经很久了。首句写祠前即目所见，从“白石”“碧藓”相映的景色中勾画出圣女所居的清幽寂寥，暗透其“上清沦谪”的身份和幽洁清丽的风神气质；门前碧藓滋生，暗示幽居独处，久无人迹，微逗“梦雨”一联，同时也暗寓“归迟”之意。次句是即目所见而引起的联想，正面揭出全篇主意。“沦谪得归迟”，是说沦谪下界，迟迟未能回归天上。

颔联“一春梦雨常飘瓦，尽日灵风不满旗。”从门前进而扩展到对整个圣女祠环境气氛的描绘，如丝春雨，悄然飘洒在屋瓦上，迷蒙飘忽，如梦似幻；习习灵风，轻轻吹拂着檐角的神旗，始终未能使它高高扬起。诗人所看到的，自然只是一段时间内的景象。但由于细雨轻风连绵不断的态势所造成的印象，竟仿佛感到它们“一春”常飘“尽日”轻扬了。眼前的实景中融入了想象的成分，意境便显得更加悠远，诗人凝望时沉思冥想之状也就如在目前。单就写景状物来说，这一联已经极富神韵，有画笔难到之妙。不过，它更出色的地方恐怕还是意境的朦胧缥缈，能给人以丰富的联想与暗示。这梦一般的细雨，本来就已经给人一种虚无缥缈、朦胧迷幻之感，再加上高唐神女朝云暮雨的故实，又赋予“梦雨”以爱情的暗示，因此，这“一春梦雨常飘瓦”的景象便不单纯是一种气氛渲染，而是多少带上了比兴象征的意味。它令人联想到，这位幽居独处、沦谪未归的圣女仿佛在爱情上有某种朦胧的期待和希望，而这种期待和希望又总是象梦一样的飘忽、渺茫。这种由缥缈之景、朦胧之情所融合成的幽渺迷蒙之境，极富象外之致，却又带有不确定的性质，略可意会，而难以言传，这是一种典型的朦胧美。这梦一般的身姿面影、身世遭遇，梦一般的爱情期待和心灵叹息，似乎正需要这梦一样的氛围来表现。

颈联“萼绿华来无定所，杜兰香去未移时。”又由“沦谪”不归、幽寂无托的“圣女”，联想到处境与之不同的两位仙女。道书上说，萼绿华年约二十，上下青衣，颜色绝整，于晋穆帝升平三年夜降羊权家，从此经常往来，后授权尸解药引其升仙。杜兰香本是渔父在湘江岸边收养的弃婴，长大后有青童自天而降，携其升天而去。临上天时兰香对渔父说：“我仙女也，有过谪人间，今去矣。”来无定所，踪迹飘忽不定，说明并非“沦谪”尘世，困守一地；去未移时，说明终归仙界，而不同于圣女之迟迟未归。颔、颈两联，一用烘托，一用反衬，将“圣女”沦谪不归、长守幽寂之境的身世遭遇从不同的侧面成功地表现出来了。

尾联“玉郎会此通仙籍，忆向天阶问紫芝。”从圣女眼前沦谪不归的处境转想她从前的情况，“忆”字贯通上下两句。意思是说，遥想从前，职掌仙籍的玉郎仙官曾经与圣女相会，帮助她登上仙界，那时的圣女曾在天宫的台阶上采取紫芝，过着悠闲自在的仙界生活，而此时却沦谪尘世，凄寂无托，不能不慨然。一结以“忆”字唤起今昔之感，不言而黯然神伤。“天阶问紫芝”与“岩扉碧藓滋”正构成天上人间的鲜明对照。

这首诗成功地塑造了一位沦谪不归、幽居无托的圣女形象。尾联在回顾往昔中所透露的人间天上之感，也隐然有诗人的今昔之感寄寓在里面。